La mission principale de la Commission est de protéger les droits de l’Homme dans la République de Djibouti. La Commission peut de sa propre initiative, appeler l'attention des pouvoirs publics, sur les situations de violation des Droits de l'Homme dans le pays, leur proposer toutes initiatives tendant à y mettre fin et, le cas échéant, émettre un avis sur les positions et réactions du Gouvernement. À cette fin, elle peut élaborer des rapports sur la situation nationale des Droits de l'Homme, en général, ainsi que sur des questions plus spécifiques. Les missions de la Commission se subdivisent en 4 principales actions :
1- Traitement des plaintes
Le législateur a reconnu à la Commission la possibilité de traiter les plaintes des personnes qui sont victimes de violations de droits de l’Homme. Les personnes témoins de violations de droits humains peuvent elles aussi saisir la Commission. Cette dernière a la capacité de s’autosaisir si elle observe des violations de droits de l’Homme au sein du pays. Dans le cadre de son action, la Commission s’est dotée d’un manuel de traitement de plainte. Ledit manuel explique clairement toutes les étapes du traitement d’une plainte et fournit des modèles permettant de documenter toutes les informations pertinentes et de répondre aux exigences de la Commission en matière de rapports, en interne ou en externe, et de promouvoir une culture du respect des droits humains pour toutes et tous à Djibouti.
Aussi, la Commission a mis en place un système de gestion informatique des plaintes. Ce système permet d’améliorer et de garder les données recueillies dans une plateforme dédier pour les plaintes. Ce système permet aussi à la Commission d’avoir un processus normal de traitement des plaintes sur la plateforme. Finalement dont le dessein de faciliter la saisine de la Commission une application pour le traitement des plaintes a été créée. Cette application peut être téléchargée sur le smartphone. L’anonymat des plaignants est garanti depuis la phase de dépôt, en passant par le suivi jusqu’au traitement final de la plainte.
2- Le monitoring
La Commission Nationale des Droits de l’Homme veille à l’observation, à la surveillance et au suivi de la situation des droits de l’Homme aux niveaux national et régional.
La Commission effectue également, dans le cadre de l’exercice de ses missions en matière de protection des droits de l’Homme, des visites dans les lieux de détention et aux établissements pénitentiaires et surveille la situation des détenus et le traitement qui leur est réservé, ainsi qu’aux centres de protection de l’enfance et de la réinsertion, les établissements hospitaliers spécialisés dans le traitement des maladies mentales et psychiques et au lieu de rétention des étrangers en situation irrégulière.
Elle élabore des rapports sur les visites qu’elle a effectuées, faisant état de ses observations et de ses recommandations visant à améliorer les conditions des détenus et des pensionnaires desdits centres, établissements et lieux et les soumet aux autorités compétentes.
3- Les enquêtes et investigations
La CNDH peut procéder aux investigations et enquêtes nécessaires chaque fois qu’elle dispose d’informations confirmées et fiables sur la survenance de ces violations, et ce, quelle qu’en soit la nature ou l’origine.
4- Le reporting et la pratique conventionnelle
La Commission Nationale des droits de l’Homme émet son avis sur toute question relevant de son domaine de compétence, qui lui a été soumise par le Président de la République, le Président de la République, le Ministre de la Justice chargé des Affaires Pénitentiaires et des Droits de l’Homme et les Législateurs. La CNDH élabore des propositions ou des rapports spéciaux et thématiques sur tout ce qui est de nature à contribuer à une meilleure protection et à une meilleure défense des droits de l'Homme.
Elle soumet au Président de la République un rapport annuel sur l'état des droits de l'Homme ainsi que sur le bilan et les perspectives d'action de la Commission. La Commission transmet des rapports aux organes internationaux, notamment dans le cadre de l’examen périodique universel